A 7 heures, les premières motocyclettes de la Wehrmacht pétaradent dans la rue sans s’arrêter devant la préfecture, où Jean Moulin attend l’ennemi debout, en uniforme, devant le drapeau. Les automitrailleuses suivent, puis des gradés allemands coiffés de hautes casquettes descendent de voiture, entrent dans l’hôtel. Ils assurent au préfet que leurs troupes respecteront scrupuleusement la population civile, et qu’il est considéré comme responsable de l’ordre en tant que haut fonctionnaire français, autant dire en otage.
Les voitures civiles et les camions français sont réquisidonnés. Remis en marche par l’ennemi sans que Jean Moulin puisse protester. II n’a pas le droit de défendre les biens et la propriété des citoyens, il doit seulement faire en sorte qu’ils ne se révoltent pas, qu’ils acceptent l’occupation. Les soldats allemands qui défilent tête nue, casque à la ceinture, disent aux réfugiés : «La guerre est finie pour vous. » Ils font écouter aux Français la radio allemande sur leurs voitures. Ils traduisent les informations diffusées par leurs compagnies spéciales de propagande : «L’armée française a capitulé, Reynaud est en fuite, Mandel en Angleterre » 
Jean Moulin n’en croit pas un mot, mais il est toujours sans nouvelles du gouvernement, sans instructions. Il apprend que l’ennemi a fusillé une paysanne octogénaire à Luray, pour avoir protesté contre l’occupation de son domicile. Elle est morte attachée à un arbre. Sa fille n’a pu l’enterrer que vingt-quatre heures plus tard, creusant elle-même la tombe sous la menace des soldats. Premier crime de guerre connu du préfet et confirmé par des témoins.
Le pillage se généralise en ville. Les Allemands ne le pratiquent pas directement, ils encouragent des rôdeurs trançais à le faire et emportent ensuite, pour leur compte, sur leurs camions, les tissus, les conserves et les bouteilles dérobés dans les magasins éventrés.
Le préfet est bientôt conduit à la Kommandantur installée à l’hôtel de France. Des officiers veulent lui faire signer un protocole reconnaissant l’assassinat et le viol de personnes civiles françaises par des soldats Sénégalais.

Jean Moulin refuse de se déshonorer, de traîner dans la boue l’armée de son pays. Il est insulté, battu, blessé. On le conduit avec la dernière brutalité sur la scène du carnage, où il démasque sans peine la mise en scène grossière. Les cadavres sont ceux de Français victimes des bombardements, sauf une femme dont on a coupé les membres pour faire croire à un crime rituel. Ils ont sans doute servi de prétexte à l’exécution de tirailleurs sénégalais par les Allemands. Le préfet persiste dans son refus de couvrir le crime. Il est enfermé dans la même cellule qu’un prisonnier sénégalais blessé. II est de nouveau frappé, insulté. II tente de s’ouvrir les veines, dans la cellule. Il est sauvé de justesse. Plus tard, le maire de Chartres est requis d’enterrer les corps des neuf victimes du bombardement, au lieu du massacre. On ne reparle plus de l’affaire.